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सीबीआई ने अपनी जांच में पाया कि व्यापम घोटाले से जुड़ी मौतों पर विवाद तब पैदा हुआ जब मध्य प्रदेश पुलिस ने दाखिले और भर्ती घोटाले से जुड़े मामलों में अपनी प्राथमिकी में मृत व्यक्तियों के नाम बतौर आरोपी शामिल किए। मध्य प्रदेश में दाखिले और भर्ती घोटाले में शामिल संदिग्धों को बचाने की कथित साजिश की जांच सीबीआई को सौंपी गई थी। जांच एजेंसी को 24 लोगों की मौत की जांच करने के लिए कहा गया था।
जांच में पाया गया कि 24 मौतों में से 16 लोगों की मौत व्यापम घोटाले में राज्य पुलिस द्वारा आरोपी बनाए जाने से काफी पहले ही हो चुकी थी। सीबीआई ने मौतों के पीछे किसी तरह की साजिश से इनकार किया है। सीबीआई ने कहा कि बाकी लोगों की मौत प्राकृतिक कारणों से हुई।